峨嵋峰国家级自然保护区
坐标：泰宁
峨嵋峰国家级自然保护区，该保护区属野生生物类型自然保护区，该保护区属野生生物类型自然保护区。
泰宁峨嵋峰自然保护区是福建县境内植物保存完好的地带，保护区地理位置和环境，造成了森林植被和生物资源的多样性，是众多珍稀濒危动植物生长、栖息、繁衍的场所，是野生药用植物和经济植物富集的种质基因库。
主要保护对象:世界极度濒危的水生植物东方水韭及其栖息地-中山沼泽湿地群、珍稀雉科鸟类、大面积亚热带原生性亮叶水青冈落叶阔叶林。
将乐龙栖山国家级自然保护区
坐标：将乐县
将乐龙栖山国家级自然保护区位于福建省将乐县境内，被誉为“天然植物园”、“珍稀濒危野生动物的基因库”。
保护区的植物区系成份属于北极植物区、中国－日本森林植物亚区、亚热带植物区系。
主要保护对象：亚热带常绿阔叶林。
天宝岩国家级自然保护区
坐标：永安市
天宝岩国家级自然保护区位于福建省永安市东部的西洋、上坪、青水三个乡（镇）交界处。
区内自然资源十分丰富， 是我国少有的一个物种基因库，为我国小区域生物多样性较为丰富的地区之一，为闽江的重要水源涵养林区。
主要保护对象：原始长苞铁杉林和猴头杜鹃林及山间盆地泥炭藓沼泽等。
闽江源国家级自然保护区
坐标：建宁县
区内金饶山海拨1858米，是三明第一个高峰，地层古老，又是建宁椴、建宁金腰的模式标本采集地。
该区是武夷山脉中亚热带森林生态系统保护区的重要组成部分，是珍稀野生动植物的良好栖息地，有国家重点保护植物36种，国家级保护动物17种。
重点保护对象：钟萼木、红豆杉种群
君子峰国家级自然保护区
坐标：明溪县
福建君子峰国家级自然保护区位于福建省三明市明溪县境内，始建于1995年。2003年，经福建省人民政府批准为省级自然保护区，2008年1月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
福建君子峰国家级自然保护区是以保护中亚热带、低纬度、低海拔平缓坡面的常绿阔叶林，木本药用植物种质资源，名贵用材树种种质资源。
重点保护对象：主要保护对象为常绿阔叶林和黄腹角雉、南方红豆杉;君子峰省级自然保护区面积13848公顷，主要保护常绿阔叶林、南方红豆杉。