影响青花菜生产的主要病害为病毒病（TuMV等）、黑腐病（Xanthomonas campestris pv.campestris）、霜霉病（Peronospora psitica）、软腐病（Erwinia carotovora pv.carotovora）等，目前主要的抗病种质资源有：
1.抗源材料8551
由中国农业科学院蔬菜花卉研究所育成。抗兼抗黑腐病，外叶数8～10片，株高52.9cm，开展度60.4～60.9cm，主花球高15.3cm，球重0.25kg，花球质地较细、紧、浓绿。
2.抗源材料8519
由中国农业科学院蔬菜花卉研究所筛选而成。抗TuMV耐黑腐病，外叶数12～14片，株高57.6cm，开展度56.5～57.5cm，主花球高14.9cm，球重0.20kg，花球质地细、较紧、浅绿。
3.自交不亲和系86-9-①-2-2-3
天津市农业科学院蔬菜研究所从日本进口品种绿峰经自交分离、定向选择而成。植株长势强，成熟期65d，中大花球、扁圆形，花蕾中等大小，深灰绿色，紧实，经苗期人工接种表现抗TuMV和黑腐病。
4.自交不亲和系91-1-①-2-1
天津市农业科学院蔬菜研究所从日本引进的中熟品种绿王经自交、分离、筛选而成。植株生长势旺盛，成熟期70d，小花球，中大花蕾，较紧实，灰绿色，半圆形，抗TuMV，轻感黑腐病。
此外，还有中青5号F1、中青7号、中青8号F1：田间表现高抗病毒病和黑腐病，苗期人工接种结果，高抗TuMV（芜菁花叶病毒），抗CMV（黄瓜花叶病毒）；碧绿1号（B1）、沪绿2号、绿宝3号、青峰、圳青3号、中青1～3号F1、绿宝F1：田间表现高抗病毒病和黑腐病；中青6号、上海3号：抗病毒病和黑腐病；玉冠F1、里绿、蔓陀绿F1：具有较强的抗病性；绿秀：抗黑腐病、霜霉病、软腐病能力强；克林珀（快马）F1：耐霜霉病；绿莲F1、碧秋F1、上海2号F1：抗芜菁花叶病毒（TuMV），耐黑腐病；以及碧玉F1、马拉松、碧松F1、东方绿莹等。