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目前，果树新品种一般是通过下列方式培育形成的：
1、杂交育种（有目的的杂交选育新品种）；
2、实生选种（在实生苗结果后选择果实性状优良的单株）；
3、芽变育种（基因突变，偶然发现，嫁接繁殖）；
4、诱变育种（通过物理或化学的方式，诱导果树的芽子发生基因突变）；
5、国外引种等方式。
在若干年之后（20年左右），将会有更现代化的方式培育果树新品种，那就是“克隆”技术。到那时，吃一种水果，就可以有多种水果的味道，比如：桃李杏、香蕉苹果、桔子草莓、蓝莓葡萄等。 杂交育种（有目的的杂交选育新品种）
即通过遗传型不同的类型间的配子结合获得杂种，加以培育选择而创造出新品种。采用这种方法时，明确育种目标和正确选择、选配亲本是成败的关键。而不育性、杂交不亲和性和种子的多胚性，特别是目前对果树这类多年生木本植物重要性状的遗传规律的了解不够，则使果树杂交育种的应用受到一定限制。虽然如此,由于有关的性状遗传资料已积累较多,许多国家仍通过杂交育种育成了不少有价值的苹果、 梨、 葡萄、桃、柑橘和香蕉品种。 重要的果树砧木， 特别是抗寒、抗病虫砧木的无性系，也多由杂交育种得到。由于果树为杂合体，不易获得纯系亲本，杂种优势的利用也较困难，只限于少数种类。 杂交也可在种间或属间进行。远缘杂交时的杂交不亲和性和杂种不育性等障碍，有的可采取种胚离体培养等方法加以克服。。
实生选种（在实生苗结果后选择果实性状优良的单株）；
实生选种就是用种子繁殖的果树群体所产生的自然变异进行选择，以改进群体的遗传组成，或从中选出优良的品种类型。供选择的群体也包括无性繁殖的果树品种因未行人工控制授粉而自然产生的杂种实生树。实生选种对改进群体遗传组成的进程虽较缓慢，但由于实生果树的变异普遍,变异性状多,选出的新品种类型对当地环境条件有较强的适应能力，因而历来是应用最广的一种果树育种方法。
芽变育种（基因突变，偶然发现，嫁接繁殖）；
芽变是体细胞突变的一种，发生在芽的分生组织细胞中的遗传物质突变。由变异的芽萌发的枝、叶、花或果实的一些性状，如果实的颜色、大小、成熟期以及对病虫害和不良环境的抗性等与原类型有异。选择其中优良的芽变进行营养繁殖以形成新品系的方法称芽变选种。由于芽变只局限于少数性状的变异，此法的应用主要是为了在保持原有品种优良性状的基础上，针对性地。
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