使用杀菌剂灌根后，如果出现萎蔫、黄化、不长等现象，一是迅速浇水，稀释土壤中的药液浓度；二是及时用生根壮苗剂或云大120喷淋灌根，缓解药性，恢复蔬菜长势。要根据发生病害的种类选择合适的杀菌剂，不是所有杀菌剂可以防治所有的病害，很多杀菌剂都有针对性，只对一种或者几种病害有效，所以一定要根据病害选择对应的防治药剂。
杀菌剂尽量与生根水溶肥混合施用, 且药液的浓度一般不要高于1500倍, 防止蔬菜根系周围土壤药液浓度过高, 造成药害。生物菌剂如木霉菌丶枯草芽孢杆菌等用于灌根防病时，不能与其它杀菌剂混用，并应避开高温强光时段，灌根后覆土，以防光晒后细菌死亡造成防效降低。
三唑类药剂能防治很多真菌性病害，比如白粉病，锈病，小麦纹枯病等等，在蔬菜上也能用。之所以会出现药害，主要还是因为用药量过大，或者用药时期不对，保证药液能到达发病部位。茎基部发生的病害，如疫霉根腐病、茎基腐病等，可以直接用药喷洒茎基部；主根和毛细根发生的病害，最好扒开根部用药或用灌根器直接将药施到根部。
枯草芽孢杆菌不能与碱性农药、含铜离子药剂、乙蒜素及链霉素等杀菌剂混用，以免把药剂里的有益菌杀死，降低或失去药效。 所有铜制剂都不能和福美双系列混配，前后使用间隔10-15天，如果间隔时间过短，重则药害，轻则叶片出现红色反应物。速渡恶霉灵”――针对大量的土传病害，药效好且持久，用药当天，它就能传遍作物全身，疏通维管束，全方位杀菌消毒，尤其是针对破坏作物维管束的黄萎一类病害。
苯醚甲环唑、三唑酮等不能乱用。这两种都属于三唑类杀菌剂，除了具有杀菌效果外，它对植株有调节作用，叶片和叶片间也能相互传导，会抑制茎叶或者果实的生长。所以不建议用唑类的杀菌剂，它能抑制植株的生长，造成损失，在膨果之后再去用相对来说比较安全。
因为三唑类杀菌剂除了具有杀菌效果外，它对植株有调节作用，叶片和叶片间也能相互传导，会抑制茎叶或者果实的生长，不同的药剂控旺效果也不同。对于一些番茄、黄瓜这类的蔬菜生长前期，不建议用唑类的杀菌剂，它能抑制植株的生长，造成损失，在膨果之后再去用相对来说比较安全。
蔬菜在生长期间，三唑类杀菌剂这种杀虫剂是千万不能用的，虽然它有一定的杀菌效果，但是会抑制蔬菜精液或者果实的生长，会导致这些蔬菜长不大，所以千万不能使用这种杀虫剂。