哈密瓜枯萎病从苗期到生长期都有危害，尤其是花果期。早期症状是叶片从根部逐渐向上萎蔫，早晚恢复正常。重复几天后，植物完全枯萎死亡。有萎蔫症状的哈密瓜茎基部出现明显的病变，茎基部有暗褐色的斑点，有的裂开流出有臭味的果冻。根不能正常伸展，类似西瓜枯萎病。根卷曲，毛细根稀少。根是黄棕色的，这破坏了茎的基部，使维管束变成棕色。
哈密瓜枯萎病是尖孢镰刀菌的特化病原，是尖孢镰刀菌爆发的主要原因之一。研究表明，病原菌可在土壤中存活5-8年，这对温室种植哈密瓜是一个严峻的挑战。一旦病原体的传播无法控制，温室内的患病率可达60%以上。在适宜的温度下，土壤中残留的细菌会随着土壤中的水分，通过根伤口甚至根表皮侵入植物，尤其是在高湿度、空气闷热或雨后快速清除等气候环境下，主要危害哈密瓜的维管束。在防治中，如果在疾病的早期不进行有效的治疗，在疾病的中晚期基本上就失去了治疗价值。
一些种植者对此仍有疑问。大家都说，哈密瓜种植第一年，选择的地里没有种植易受枯萎病影响的瓜类和作物。为什么种的哈密瓜对枯萎病还是有害的？这就导致了哈密瓜枯萎病的第二个主要侵染途径，即枯萎病病原可以通过种子和幼苗进行携带和传播。因此，除了土壤消毒外，对幼苗或种子进行消毒也是防止根腐病的主要途径之一。
甜瓜枯萎病的防治措施；科学施肥，高畦栽培。施用充分分解的有机肥，避免肥料带菌；采用地膜覆盖和高畦栽培减少果实与土壤的接触。排水降低湿度，水果蔬菜垫垫。雨季要注意雨后及时排水，适当控制浇水。当表面湿度较高时，应垫瓜，避免与土壤直接接触。减少伤口的现场操作。加强田间管理，防止水果的人为或机械伤害，及时采摘和掩埋病果。发现疾病，农药控制。甜瓜枯萎病发生后，及时喷洒药剂，药剂可以是50%苯菌灵可湿性粉剂的1500倍，60%摩防宝可湿性粉剂的800-1000倍，36%甲基托布津悬浮剂的500-600倍，40%聚硫悬浮剂的500倍，或40%百菌清悬浮剂的500倍。
首先就是可以因地制宜，在选择种子培育方面就可以选择一些能抵抗病毒的品种，其次就是一定要加强管理，控制好温度，哈密瓜应该是在3~9℃最好，要注意通风。最后一点就是要用一些农药，在哈密瓜发病期间可以喷洒农药。
在成长的过程当中，一定要及时的喷洒相对人的农药，进行病虫害的防治，也要及时的把一些枯叶枯枝清理干净，及时的浇水。也要及时的施肥就可以了。
首先就是要选择一些抗病毒的品种，然后对它进行一个强化管理。定期喷洒农药，可以使用一些多菌灵盐酸，按一定的配比进行喷洒。定时修剪，让它们有一个很好的通风性和排水性。只要是成熟的哈密瓜必须立刻采收，不要让它们放的时间过久容易坏掉。
一般都是通过一些化学药剂进行防治，现在农业上遇到的很多问题，都只能通过农药的方法来进行治疗。