要分辨出纯种佛鳄得分别从九个地方入手。
一看眼睛
纯种佛鳄的眼皮颜色较淡，眼珠上有清晰的黑色十字纹路，个别龟呈一字纹，不过一般不会出现其他放射状纹路。
二看脸部
纯种佛鳄的脸部没有明显的纹路，最多在眼睛前后的皮肤上有一条黑线，长大后会变成一排直线状的黑色斑点。佛鳄在直视前方时，这条黑线与其眼珠上横线齐平、竖线垂直。佛鳄的嘴下分布有竖直排列的黑白条纹，嘴角下两侧的白纹最宽最明显。
三看头部
佛鳄刚出壳时，就能在其头部看到与生俱来的肉芽，这些肉芽将来会长成肉刺，从肉芽的分布密度与粗细就可以辨别佛鳄品种的纯度。纯度越高的佛鳄头上的肉芽分布越密越粗，而杂交佛鳄的肉芽少且根部细。纯种佛鳄的头比较尖，呈三角形，占整个龟身的比例较大，看上去很霸气。
四看脖子
佛鳄又称为佛罗里达蛇鳄龟，这是因为它具有长脖子的特点。在同等大小的情况下，与其他三个亚种和杂交品种相比，纯种佛鳄的脖子是最长的。
五看背甲
佛鳄的背甲都是高高拱起的，并且背上的3条嵴棱非常明显，其背甲一共有13片，第二排和第三排甲的宽度几乎一样。佛鳄的背甲一般呈椭圆形，比较长，个别呈圆形的一定会出现错甲。
六看四肢
纯种佛鳄的爪子非常紧凑而有力，前爪指甲间的缝隙比其他三个亚种小。其四肢下面都有密密麻麻的肉芽，会随着长大而渐渐变成肉刺。
七看尾巴
纯种佛鳄的尾巴上靠近背甲端处有一片很密的肉刺，肉刺后面是一条非常粗大的延伸至尾端的尾棘，在这条尾棘左右两边各有一列较小的尾棘延伸至尾部末端。
八看吃相
佛鳄吃东西也有其特点，它一般吃较小的食物都是直接用吞，而北美种或杂交品种会先咬在嘴尖然后再吞下。
九看反应
佛鳄在苗期都比较胆小，不熟悉的人将它拿在手里它会缩起头脚，一动不动，如果把它翻过来，它可能因为害怕，不会马上翻回去，而是等人走了或者过一段时间才翻。等到佛鳄较大的时候，如果有人在它眼前伸出手指，它可能会张嘴便咬。