1.实生选种
通过果树种子繁殖，产生自然变异，对其加以选择，以改进果树群体（或个体）的遗传组成，从而得到有利的园艺性状的群体品种（或营养系品种）的育种方法就是实生育种，在各种育种方法中历史最为悠久，适合各种果树作物。
从实生选种的历史看，就其具体方法又可分为：原始实生选种和现代实生选种。前者在选种前不注意亲本性状，而只重视实生后代的表现，从方法论看，它缺乏必要的理论指导，盲目性、随机性较大，方法本身简单易行，在人类的选种历史上功不可抹。
现代实生选种，以遗传学理论（特别是群体遗传学）为指导，具有较强的目的性和预测性。实质上就是通过实生繁殖选择不同世代，使有利的遗传性状基因在个体中聚积，从而获得优势个体（或优势个体组成的优势群体）。果树中最有用、最为简单的选择方法是：根据表现型选择已知有利性状的多个体作亲本，让其之间随机交配，再在后代中选择优良类型，这一方法又被称为集团选择（Mass selection）。
从当今果树遗传育种观点看，一些长期以实生繁殖粗放管理的果树，如核桃、板栗、山杏等，实生选育技术仍不失为一种很有应用价值的方法。在其它果树上，可以借用实生选种技术获得新的种质资源。特别在一些野生资源的利用中，可以先采集种子，然后在其播种后代中选择有用的个体类型。当然，在未来新兴野生果树开发中，也如同人类资源利用历史一样，是一条必经之路。
2.自然突变选种
自然界中芽分生组织体细胞发生变异，变异的细胞形成变异的组织（嵌合体），由此进一步形成芽变（变异的芽），而当变异的芽萌发成枝，直至开花结果，表现新的性状，又称之为枝变。人们根据这一特性，将优良的体细胞变异体通过无性繁殖加以巩固（如嫁接），进而传递扩大，形成新的无性品种，这种育种技术被称为芽变选种。
芽变的遗传学基础仅限于个别基因位点发生突变，因而变异基础较小，对于已推广品种局部改良作用较大。如美国红色紧凑型元帅系新品种，都是通过元帅的芽变选种得到的。
3.杂交育种
用已知性状的不同种类作亲本，通过人工控制授粉授精，获得杂交后代，继而选择优良品种（或品系）的杂交育种方法，是人类育种成就的最大突破。果树的杂交育种开始于19世纪，数百年中，该方法一直作为育种方法的主力军。
杂交育种的遗传学基础在于：一方面可以集中父母双方的有利基因，即利用基因重组产生的加性效应；另一方面利用生态地理起源上距离较远的种类（或品种）间杂交，其后代复等位基因的位点数累积，以及基因重组等产生的非加性效应。这种基因交流重组，带来了广阔的遗传变异，为育种选择带来了充分的机会。这一方法从资源利用的观点看，除了用栽培品种作进一步改良利用外，在向栽培品种导入野生近缘种的有利基因，创造抗性新类型上具有十分重要的作用。正是杂交育种方法的这种特性，使育种学家一直持有一种乐观思想，即任何因品种所带来的栽培问题，都可以通过育种方法加以解决。
