1.褐斑病
又名黑斑病、斑枯病。主要危害叶片，一般从植株下部叶片开始发病，初现淡黄色或紫褐色斑点，后扩展成圆形、不规则形，直径5～10毫米的病斑，病斑边缘黑褐色，中央灰褐色，北方地区8～9月，华南地区5～10月发病重。感病的品种有紫蝴蝶、新大白、火舞、蟹爪黄、紫露凝霜、香白梨、西施醉舞、归田乐等，抗病力强的有湖上月、迎风舞、秋色、玉桃、紫雁飞霜和紫桂等。
发病初期可喷1%波尔多液作保护剂，发病后用50%甲基托布津和80%敌菌丹500倍混用或45%百菌清和多菌灵胶悬剂1000倍喷洒，防效特好。
2.斑点病
又名叶斑病。初现针头状褪绿成浅褐色小点，扩大成圆形或不规则的褐色或深褐色病斑，后期病斑边缘紫褐色，中央灰白色或浅黄色，不明显轮纹，病部产生褐色小点。病菌在病落叶、土壤中过冬，风雨传播，一般8月开始发生，秋末趋于缓和。黄色的品种如迎春舞、秋艳、粉莲、粉紫雀易感病，白色的品种如大立菊、和平等较抗病，防治方法同褐斑病。
3.锈病
发病时初现淡黄色小斑点，叶背相应产生小的变色斑，随后产生隆起疱状物，破裂后莠出大量褐色粉状物，叶片卷曲。菊花锈病的病原有菊柄锈菌、堀柄锈菌及蒿层锈菌3种，病菌潜伏在新芽中过冬，随菊苗传播危害。菊花品种对堀柄锈菌抗性有差异，上海引进的京白、秋兴京白、朝红白感病重，桃金山、舞姬抗病力强，早期可喷15%粉锈宁1000倍液效果好。
4.立枯病
该病发生在幼苗期及扦插苗，幼苗感病初现生长衰弱，叶片轻度失水，萎蔫下垂，近地面可见水渍状腐烂、变细，根部变黑、枯死。病菌在土壤及病残株长期存活。可用50%福美双或50%克菌丹，每667米2苗床500克与细土拌和成药土施入土中。并可用木素木霉菌，按土重0.2%用量拌入土壤后扦插。
5.枯萎病
感病后生长缓慢，下部叶片失绿发黄失去光泽，稍显不正常后全株枯死。病株茎基部微肿变褐，表皮粗裂，缝中可见白色霉状物，根部变黑，维管束变褐色。该病属于土传病害，发生适温27～32℃，15℃以下不发病，高温多雨发病重。粉牡丹、万紫千红品种易感病。发现病株立即拔除，病穴及轻病株要用25%苯米特可湿性粉剂，或50%多菌灵粉剂200～400倍液淋灌土壤，也可喷洒植株。
6.叶枯线虫病
危害叶片、幼芽和花。初现浅黄褐色斑点，扩大成三角形的坏死斑，叶卷缩、凋萎褐变，花芽受害不能成蕾枯死，花成畸形。
该病由菊花幼芽线虫引起，一年能发生10代，以成虫或幼虫落入地面的病残体、土壤和根芽生长点或在繁缕、苦荬菜、飞燕草植株上过冬，在干叶能存活20～25个月，在土中存活1～2个月，春末初夏靠雨水爬上叶片，从气孔侵入，活动适温22～25℃，在夏菊与小菊类发病重。
检疫，清除病原，扦插前用50℃温水浸插枝10分钟。用D-D混合剂（二氯丙烷和二氯丙烯的混合物）每平方米24～60克，在插前20～30天，开深20厘米沟，施药入沟内覆土，对幼苗和种子有药害。亦可用涕灭威颗粒剂每平方米用药1.2～5.6克，方法同上。
7.病毒病
有花叶型（由菊花B病毒、汁液、扦插条、桃蚜、马铃薯蚜虫传播，种子、土壤不传毒；黄瓜花叶病毒与烟草花叶病毒，蚜虫、汁液传毒）、斑枯型（番茄斑萎病毒、蓟马、蚜虫、叶蝉传毒）、环斑型（烟草环斑及菊花环斑病毒，前者蚜虫，后者嫁接传毒）和脉斑驳型（汁液、嫁接、菊长管蚜传毒）。防治传毒介体。桃蚜用50%抗蚜威2000倍液，蚜虫用70%丙蚜松1000倍防治。严格检疫。
8.矮化病
又名丛矮病。由矮化病毒侵染，汁液传毒，种子或菟丝子也能传毒，蚜虫不传毒。严格隔离，热处理脱毒，36℃处理3～4周，养护时手、工具要消毒。
9.菊花绿萼病
3又名菊花绿化病、黄化病，花小变绿。由类菌原体侵染，叶蝉传毒。防治只能彻底拔除病株，消灭叶蝉。
10.菊小长管蚜
又名菊姬长管蚜，成虫赤褐色至黑褐色，一年10～20代，每年4～5月和9～10月繁殖高峰。可用50%辟蚜雾2000倍或20%杀灭菊酯2500倍。花期可用15%涕灭威施药1～2克埋于根部。在出口菊花时，只要发现一枝有蚜虫，这批菊花就立即退货。
11.黄胸蓟马
成虫橙黄色或黑褐色，翅狭长有长缨毛，一代发生10代，高温干旱大发生，可用20%菊杀乳油或40%速果乳油2500倍防治。
12.菊瘿蚊
成虫长3毫米，腹部深橙色或灰褐色，有明显能伸缩的管状产卵器，翅淡灰色。一年发生3～4代，以幼虫在土中过冬。5月下旬出现虫瘿，初为绿色后为紫红色。6月中下旬和7月中旬喷洒20%菊杀乳油2000倍或用辛敌乳油2000倍防治成虫及刚孵化的幼虫。发生严重时可埋施15%铁灭克颗粒剂，每盆2～3克。
13.菊潜叶蝇
南方一年10代，华北3～4代，以蛹及幼虫在叶内过冬。根际埋15%铁灭克颗粒剂，每盆1克。
14.小筒天牛
一年1代，北京5～6月产卵，在嫩梢上咬成两个半环，产淡黄色卵。5～6月每隔7～10天喷1次35%硕丹乳油1000倍，可杀卵，5～6月嫩梢枯萎时，折断顶梢烧毁。